Ammoniumionit (<0,5 mg/l) voivat kohonneina pitoisuuksina vaikuttaa veden makuun ja hajuun sekä lisätä desinfiointiaineen kulutusta ja heikentää desinfioinnin hallittavuutta. Kohonnut ammoniumpitoisuus voi viitata vedenottamon ympäristökuormitukseen, jätevesien vaikutukseen tai maatalouden ravinnekuormitukseen. Ammoniumpitoisuus tulkitaan yhdessä muiden kemiallisten ja mikrobiologisten analyysitulosten kanssa.