Virukset ja bakteerit voivat aiheuttaa vakavan terveysriskin, mutta niiden esiintymistä vedessä ei voi arvioida silmämääräisesti mikro-organismien pienen koon vuoksi. Mikrobiologinen likaantumisriski on tavallisesti suurin pintavesissä, avoimissa kaivoissa ja muissa kohteissa, joihin pintavalunta tai jätevesi voi päästä. Veden turvallisuus varmistetaan asianmukaisilla mikrobiologisilla analyyseillä.